Ανώτερο όργανο της ΑΝΤΑΡΣΥΑ είναι η Πανελλαδική Συνδιάσκεψη που συγκαλείται μια φορά το χρόνο και συζητά με βάση εισήγηση του απερχόμενου πανελλαδικού συντονιστικού. Το 1/3 των εγγεγραμμένων μελών μπορούν να καλέσουν έκτακτη Πανελλαδική Συνδιάσκεψη. Η Πανελλαδική Συνδιάσκεψη κάνει μια γενική εκτίμηση της περιόδου, ορίζει τους γενικούς πολιτικούς στόχους, αποφασίζει για κεντρικούς πολιτικούς άξονες, αποφασίζει προγραμματικές αρχές και συνολικότερη στρατηγική φυσιογνωμία, αποφασίζει αλλαγές στο καταστατικό και εκλέγει όργανα. Η Πανελλαδική Συνδιάσκεψη αποτελείται από αιρετούς αντιπροσώπους των Τοπικών Επιτροπών. Ο αριθμός τους ορίζεται βάσει ενιαίου πανελλαδικού μέτρου, 1 αντιπρόσωπος για κάθε 3 παρόντα μέλη στη διαδικασία ορισμού των αντιπροσώπων, μέτρο που εξασφαλίζει μια μαζική και αντιπροσωπευτική διαδικασία. Η διαδικασία συζήτησης και λήψης αποφάσεων στην Συνδιάσκεψη είναι ανάλογη με αυτήν των Συνελεύσεων των Επιτροπών. Αντίστοιχα, ο τρόπος εκλογής των αντιπροσώπων στην Συνδιάσκεψη είναι ανάλογος μ’ αυτόν της εκλογής των συντονιστικών οργάνων των Επιτροπών. Οι εκλεγμένοι αντιπρόσωποι συμμετέχουν στην Πανελλαδική Συνδιάσκεψη χωρίς δεσμευτικές αποφάσεις, ελεύθεροι να διαμορφώσουν τις απόψεις τους μέσα από την ίδια την διαδικασία του Σώματος. Προκειμένου να εξασφαλιστεί ότι όλες οι συλλογικότητες, ανεξάρτητα από το μέγεθός τους, θα εκπροσωπούνται στην Συνδιάσκεψη με ένα στοιχειωδώς επαρκή τρόπο για την προβολή των απόψεών τους, η κάθε συλλογικότητα θα έχει το δικαίωμα να ορίσει μέχρι 7 αντιπροσώπους στον αριθμό των εκλεγμένων αντιπροσώπων.